Het werd geïntroduceerd als een "big box" uitbreidbare variant van de Amiga 1000, maar werd al snel opnieuw ontworpen om de meeste elektronische componenten te delen met de hedendaagse Amiga 500 voor kostenbesparing. Uitbreidingsmogelijkheden omvatten twee 3,5-inch schijfposities (waarvan er één wordt gebruikt door de meegeleverde floppy drive) en een 5,25-inch bay die kan worden gebruikt door een 5,25-inch diskettestation (voor IBM PC-compatibiliteit), een harde schijf of cd-rom zodra ze beschikbaar kwamen.

De Amiga 2000 is het eerste Amiga-model waarmee uitbreidingskaarten intern kunnen worden toegevoegd. SCSI-hostadapters, geheugenkaarten, CPU-kaarten, netwerkkaarten, grafische kaarten, seriële poortkaarten en pc-compatibiliteitskaarten waren beschikbaar, en meerdere uitbreidingen kunnen tegelijkertijd worden gebruikt zonder dat een uitbreidingskooi nodig is zoals de Amiga 1000 doet. De Amiga 2000 heeft niet alleen vijf Zorro II-kaartsleuven, het moederbord heeft ook vier PC ISA-sleuven, waarvan er twee inline zijn met Zorro II-sleuven voor gebruik met het A2088-bridgeboard, wat IBM PC XT-compatibiliteit toevoegt aan de A2000.