Donkey Kong Jr. begint onderaan het scherm, waar hij meteen wordt gebombardeerd door vogels en Snapjaws .

Nadat Donkey Kong Jr. een paar klimplanten naar de tweede verdieping heeft geklommen, kan hij een stuk fruit vinden dat op vijanden beneden kan worden gedropt voor bonuspunten : drie voor een Snapjaw op de tweede verdieping, zes voor een vogel en negen voor een Snapjaw op de eerste verdieping. Nadat Donkey Kong Jr. nog meer Snapjaws heeft ontweken, moet hij naar de zwaaiende sleutel springenhierboven, die hij kan gebruiken om een ​​deel van de kooi van zijn vader te ontgrendelen. Hoe sneller Donkey Kong Jr. dit doet, hoe meer punten hij verdient (van 5 tot 20). Hij valt dan naar beneden en herhaalt het proces. Zodra vier sleutels zijn afgeleverd, is Donkey Kong gratis, waarbij de speler 20 punten krijgt. Onderweg kan Donkey Kong Jr. zich ook vastgrijpen aan wijnstokken boven, die helpen bij het ontwijken van de aan de grond gebonden Snapjaws. Elke keer dat Donkey Kong Jr. over een Snapjaw springt zonder zich vast te houden aan een liaan of van een liaan springt direct nadat een Snapjaw is gepasseerd, krijgt hij een punt. Naarmate de speler vordert in het spel, verschijnen er meer vijanden en uiteindelijk gaan ze sneller. Als een vijand Donkey Kong Jr. raakt, als hij springt en de sleutel mist, of als hij van de linkerkant op de tweede verdieping valt, verliest hij een leven. Als Donkey Kong Jr. 300 punten bereikt zonder enige missers, de punten zijn het dubbele waard totdat hij een misser krijgt. Als hij missers heeft bij genoemde score, wordt elke misser gewist. Wanneer hij drie levens verliest, is het spel voorbij .