De MEGA STE is gebaseerd op STE-hardware. De 2 MB- en 4 MB-modellen werden geleverd met een monomonitor met hoge resolutie en een interne SCSI-harde schijf (het 1 MB-model bevatte geen monitor, harde schijf of harddiskcontroller). Hoewel het een betere ST-compatibiliteit biedt dan de TT, bevatte het ook een aantal TT-functies, van de ST-grijze versie van de TT-koffer met afzonderlijk toetsenbord en systeemeenheid, optionele FPU, een VMEbus-slot, twee extra RS232-poorten (alle 9- pin in plaats van 25-pin zoals eerdere modellen hadden), een LocalTalk / RS-422-poort (er is nooit AppleTalk-software geproduceerd) en een 1,44 MB HD-floppy-ondersteuning. Ondersteuning voor een derde / middelste muisknop was ook inbegrepen.

Een uniek kenmerk van de MEGA STE ten opzichte van eerdere Atari-systemen is de software-schakelbare CPU-snelheid, waardoor de CPU kan werken op 16 MHz voor snellere verwerking of 8 MHz voor betere compatibiliteit met oude software. Een upgrade naar het besturingssysteem werd ook geproduceerd nadat de eerste eenheden waren verzonden die de ingebouwde ROM's hadden geüpgraded naar TOS 2.05 en later naar 2.6 / 2.06.

De VME-bus bood uitbreidingsmogelijkheden met behulp van kaarten die de mogelijkheden van de computer verbeterden, zoals verbeterde grafische verwerkingsmogelijkheden en Ethernet-netwerkconnectiviteit.